El Club Deportivo Alfonso Ugarte fue fundado en el año 1928 bajo el nombre de Unión Obrera, iniciando desde entonces una prodigiosa campaña en la Liga de Fútbol de Puno, demostrando su rendimiento con la contribución de jugadores de la región como Carpio, Rivera, Alata, Guzmán, Medina y Pari ChevarrÃa.
En menos de tres años se opta por la nueva denominación de Estrella Roja con regular participación en el balompié de honor. Con el afán de consolidar la personerÃa jurÃdica, el 7 de junio de 1936 se toma la denominación oficial actual de Alfonso Ugarte eligiendo el color rojiblanco con distinción que se determina en honor a la Jura de Bandera.
En la década de los 60 asume la presidencia el señor Julio C. Palomino, iniciando una nueva etapa. En el año 1974 el club ascendió a la primera división ya que en ese año la Federación Peruana de Fútbol estableció no jugarse la etapa nacional de la Copa Perú y ascender a los campeones regionales aumentándose a 22 los equipos profesionales.
En su primera temporada en la elite profesional terminó en el puesto 11 de los 22 equipos, al año siguiente se coronó subcampeón y se clasificó a la Copa Libertadores junto a Alianza Lima. Su presencia en la Copa Libertadores de América elevó la estirpe del elenco, confrontando ante grandes del fútbol sudamericano como Millonarios y Santa Fe de Bogotá. En dicha campaña obtuvo un inolvidable triunfo frente a Santa Fe por 2-1 en Puno con tantos de Moisés Vargas y Ãngel Amidey Pereyra, además logró cuatro empates y solo perdió frente al Millonarios en Bogotá finalizando en tercer lugar en el grupo.[1] Aquel equipo de la Copa tenÃa en la porterÃa a Walter Seminario, en la defensa destacaban el paraguayo Amidey Pereyra y Jorge Arrelucea, en el medio Wálter Daga‎ y en la delantera Ernesto Neyra y José Leyva que el año anterior en el torneo nacional se habÃa coronado como máximo artillero con 26 goles.[2]
Con el paso de los años, el equipo fue perdiendo protagonismo en el Descentralizado y pasó a luchar periódicamente el descenso, e incluso en 1985 protagonizó un playoff por la baja contra su rival regional Diablos Rojos de Juliaca que ganó ajustadamente por 2-1. Sin embargo, la reducción de equipos del año 1991 lo arrastró consigo y tras ubicarse en quinta posición en el acumulado del Regional Sur perdió la categorÃa y pasó a jugar el Zonal de 1992 y, posteriormente, la Copa Perú.
En 1999 estuvo presente en otra final de la Copa Perú. Pero esta vez sus sueños de volver a la división de honor se vieron truncados al perder el partido extra por 3 goles a 2 frente a Deportivo UPAO.
En los años siguientes, alternó campañas aceptables y discretas, hasta que a inicios del año 2006 sus dirigentes compraron la categorÃa del descendido Atlético Universidad, logrando con esto participar en la Segunda División. En el año 2007 descendió de categorÃa participando desde 2009 en la Liga Superior de Puno.
Se coronó campeón de la Liga Superior de Puno en el 2010, donde no pudo acceder a la Etapa Regional al ser eliminado por Alianza Unicachi en la Etapa Departamental.
Para la siguiente temporada, quedó último en la Liga Superior por lo cual debió descender a su liga de origen, pero debido a que Unión Carolina se retiró del torneo, el equipo de la franja permaneció en dicho certamen.
Luego de una triste campaña, el equipo puneño es presidido por Roger Saya, quien contrató a Mario Flores (subcampeón de la Copa Perú 2011 con PacÃfico FC) y varios jugadores experimenatados como Alex Magallanes, Alexander Fajardo, Héctor Rojas, entre otros.
Sin embargo, en una reunión, la directiva despidió al entrenador y varios jugadores [3] y contrataron a César Gonzáles en su reemplazo.[4]
Empezó desde la Liga Superior de Puno, donde campeonó y accedió a la Etapa Regional. Clasificó a la Etapa Nacional luego de su victoria por 1:6 a Manco II, pese a queJosé MarÃa Arguedas venció por 2:4 a Deportivo Maldonado de Puerto Maldonado, lo que lo hizo inalcanzable en su grupo A de la Región VIII (Etapa Regional).
Inició la Etapa Nacional cayendo goleado por 4:1 ante Huracán de Arequipa en dicha ciudad, pero clasificó gracias a su gol de visita y golear 3:0 en Puno. En Cuartos de Final, debÃa enfrentarse a Binacional de Desaguadero, pero un fallo de la Comisión de Justicia de la ADFP dictaminó que su rival serÃa CREDICOOP de Tacna. Perdió ante mencionado equipo por 1:0 en Tacna, pero entró a la siguiente fase al ganar por 3:1 en Puno. En las semifinales, goleó por 4:0 al Sport Victoria en Puno y clasificó a la Final pese a perder 3:1 en Ica.
Llegada la final, perdió en Cajamarca por 2:0 ante Universidad Técnica de Cajamarca, y pese a ganar 3:2 en Puno (luego de ir perdiendo 0:2), no le alcanzó para regresar a la Primera División, por lo que sólo regresó a la Segunda División.
Para la temporada 2013, Mario Flores regresó como entrenador del equipo puneño.